의정부지방법원-2024-구합-10992 (2026.01.13)

사 건

2024구합10992 부가가치세부과처분취소

원 고

문AA

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2025. 10. 21.

판 결 선 고

2026. 1. 13.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 11. 2. 원고에 대하여 한, 부가가치세 합계 56,392,850원(2019년 2기분 본세 7,540,480원과 가산세 4,854,950원, 2020년 2기분 본세 14,409,990원과 가산세 7,956,190원, 2021년 2기분 본세 14,806,990원과 가산세 6,824,250원) 및 원천세(근로소득세) 합계 102,332,780원(2020년분 12,696,390원과 가산세 1,269,630원, 2021년분 40,305,090원과 가산세 4,036,380원, 2022년분 41,787,970원과 가산세 2,237,320원)을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2017. 8. 14.부터 2020. 10. 5.까지 ○○○시 ■■로○○번길 ○, ○호(■동, ○○프라자)에서, 2020. 10. 6.부터 ○○○시 ○○2로○번길 ○, ○호 (△동, △△△△△△프라자)에서 ‘AAAAAA’라는 상호로 세무사사무소를 운영하여 온 사람이고, CCC은 2018. 11.경부터 AAAAAA의 사무장으로 근무한 사람이며, BBB은 2019. 12. 2.부터 2022. 12. 5.까지 ○○시 ○○구 ○동 ○○ 씨티○○ A동 ○호(○○동, 씨티○○)를 사업장 소재지로 하여 ‘DDDDDDD’이라는 상호의 회사(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)를 운영하던 사람이다. CCC과 BBB은 법률상 부부 관계이다.

나. 원고는 2019년 내지 2021년 부가가치세 과세기간 중인 2019. 1. 1.부터 2021. 12. 31.까지 사이에 아래 표 기재와 같이 이 사건 회사로부터 공급가액 합계 367,575,000원의 광고대행 등 용역을 공급(이하 각 순번 기재 거래를 통칭하여 ‘이 사건 각 거래’라 한다)받았음을 이유로 매입세금계산서(이하 각 순번 기재 세금계산서를 개별적으로 지칭하여 ‘제○세금계산서’라 하고, 각 세금계산서를 통칭하여 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 수취하였다.

다. 피고는 2022. 8. 18.부터 2022. 10. 6.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 후 이 사건 각 세금계산서가 실제 재화 또는 용역의 공급이 없는 가공의 세금계산서에 해당하고, 위 각 세금계산서는 실질적으로 원고가 AAAAAA의 사무장인 CCC에게 특별성과급 등을 지급할 목적으로 이 사건 회사에 대한 광고대행 용역비를 지급하는 것과 같은 형식을 갖추기 위해 수취한 것이라고 판단하여 2022. 11. 2. 원고에게 부가가치세 합계 ○○,○○○,○○○원, 원천세(근로소득세) 합계 ○○○,○○○,○○○원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 1. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 11. 29. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 갑 제1 내지 4, 21, 37, 39 내지 42호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로, 취소되어야 한다.

가. 절차적 하자

1) 피고는 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에 따라 원고를 비정기 세무조사 대상자로 선정하였으나, 원고의 경우 위 규정이 정한 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하지 않는다.

2) 세무조사를 실시하는 경우 세무조사 기간은 국세기본법 제81조의8 제2항에 따라 원칙적으로 20일 이내로 정하여야 하고, 부득이 이를 연장하고자 하는 경우에는 국세기본법 제81조의8 제3항에 따라 관할 세무관서의 장 또는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아야 한다. 그러나 피고는 이 사건 세무조사를 실시하면서 처음부터 20일을 초과하여 조사 기간을 정하였을 뿐 아니라 조사 기간 연장에 관한 관련 규정을 준수하지 않았다.

3) 피고는 이 사건 세무조사 과정에서 CCC에 대한 단순 문답을 넘어 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하고 CCC의 과세자료 및 금융거래정보까지 수집하였는바, 이는 실질적으로 별도의 세무조사에 해당한다. 또한, 피고는 세무조사 대상기간이 아닌 2022년에 신고ㆍ납부의무가 있는 2022년분 원천세(근로소득세)를 경정ㆍ고지하였는바, 이처럼 피고는 세무조사의 범위와 대상기간을 확대하였음에도 불구하고, 원고에게 국세기본법 제81조의7을 위반하여 그 사유와 범위를 통지하지 않았다.

4) 피고는 세무조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준 세액의 계산과 관련 없는 자료인 원고에게 세무대리를 위임한 200여명에 대한 2021년 귀속 종합소득세 신고서류와 증빙자료(이하 ‘이 사건 자료’라 한다)를 요구하였는바, 이는 세무조사권 남용에 해당한다.

나. 처분사유의 부존재

원고는 이 사건 회사로부터 광고대행 용역을 공급받고, 위 회사에 그 대금을 지급하였으며, 이 사건 각 세금계산서는 원고와 이 사건 회사 사이의 이 사건 각 거래 과정에서 정상적으로 수취된 것이다. 따라서 이 사건 각 세금계산서가 실물 거래 없이 허위로 작성된 것임을 전제로 하는 원고의 이 사건 처분은 위법하다.

다. 원천세(근로소득세)의 납부지연가산세 경과일수 산정의 오류

원고는 소득세법 제128조 제2항 및 같은 법 시행령 제186조 제1항 제1호에 따라 반기별 납부를 신청한 자로 1월부터 6월까지 징수된 원천세(근로소득세)를 7. 10.까지 신고ㆍ납부하므로, 소득세법 제85조 제3항 본문 및 국세기본법 제47조의5 제1항 제2호가 정한 방법에 따라 원천세(근로소득세)에 대한 납부지연가산세를 계산하는 경우 그 경과일수는 법정납부기한의 다음날인 2020. 7. 11., 2021. 7. 11., 2022. 7. 11.부터 각 이 사건 처분서(갑 제39호증)에 기재된 고지일인 2022. 11. 1.까지의 일수로 계산되어야 하나, 피고는 2022. 10. 27.을 만료일로 하여 경과일수를 계산하였는바, 이 사건 처분 중 원천세(근로소득세) 부분은 납부지연가산세 경과일수 산정에 오류가 있어 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 인정사실

앞서 든 증거들, 갑 제8, 38호증, 갑 제14호증의 1, 2, 을 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음 사실이 인정된다.

1) BBB은 2017. 10.부터 2019. 11.까지 AAAAAA에서 근무한 이력이 있고 이 사건 회사 사업자등록 이전에는 별도의 사업자 이력은 없다. BBB의 배우자인 CCC은 2018. 11.부터 현재까지 AAAAAA의 사무장으로 근무하고 있다.

2) 피고는 원고에 대하여 이 사건 세무조사를 실시하면서 같은 기간 BBB에 대하여도 세무조사를 실시하였는데, 피고가 2022. 7. 18. 원고와 BBB에게 교부한 세무조사 통지서의 주요 내용은 다음과 같다.

3) 피고는 2022. 9. 15. BBB과 CCC에게 ‘이 사건 세무조사에 따른 사실관계 등을 확인하기 위해 2022. 9. 20. 14:00 ○○○세무서 조사과 사무실로 출석할 것’을 내용으로 하는 출석요구 통지를 하였다.

나. 절차적 하자에 관한 판단

1) 비정기 세무조사 대상자 선정의 위법성 주장에 관한 판단

가) 관련 법리 및 규정

국세기본법 제81조의6 제3항은 본문에서 ‘세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다’고 규정하면서, 제4호에서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 규정하고 있다. 여기에서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 신고 내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우를 의미한다고 해석함이 타당하다.

나) 구체적 판단

(1) 위 인정사실, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고는 원고와 BBB의 각 소득세 신고 분석자료, 이 사건 회사의 실질 사업장 위치 분석자료, 원고, AAAAAA 사무장인 CCC과 이 사건 회사의 대표자인 BBB 사이의 인적 관계, AAAAAA의 소득금액 대비 광고 대행 용역비의 비중, 이 사건 회사의 매출액 구성 등에 근거하여 원고의 신고 내용에 탈루나 오류가 있다고 보고 원고를 비정기 세무조사 대상으로 선정하였고, 이러한 상황에서 원고가 증거인멸 등을 할 우려가 있다고 보아 사전통지를 하지 않은 채 이 사건 세무조사를 진행하였으며, 이는 원고의 신고내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 피고가 원고를 세무조사 대상자로 선정한 것에 어떠한 위법이 있다고 보이지 않는다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 회사의 대표자인 BBB은 사업자등록 소재지인 ○○시 ○○구 ○동 ○○ 씨티○○ A동 ○호(○○동, 씨티○○)가 아닌 AAAAAA 사무실 소재지에서 업무를 수행하였고, 사업자등록 소재지는 1평 정도의 소규모 회의실로 이 사건 회사의 영업 직원 규모를 고려할 때 영업직원들이 상주하여 업무를 수행할 수 있는 장소가 아니어서 명의 위장 사업장을 통한 소득분산 혐의가 의심되었다.

② 이 사건 회사의 매출액 중 원고에 대한 매출이 약 49%를 차지하고 있고, 원고는 소득금액의 30 내지 40%를 이 사건 회사에 광고대행 용역비로 지출하는 등 이 사건 회사와 원고 사이에 다소 이례적인 거래관계가 확인되었다.

③ 원고는 이 사건 회사로부터 광고대행 용역을 공급받고 그에 대한 매입세금계산서를 매월 수취하는 이외에 매년 연말 고액의 매입세금계산서를 별도로 수취하는 등 가공세금계산서를 수수한 혐의가 의심되었다.

④ BBB은 이 사건 회사 사업자등록 이전에 AAAAAA에서 근무한 이력이 있고, BBB의 배우자인 CCC은 AAAAAA의 사무장으로 근무하고 있어 원고, AAAAAA 사무장인 CCC, 이 사건 회사의 대표자인 BBB 사이에 특수한 인적 관계가 존재한다.

(2) 이에 대하여 원고는, 피고가 이 사건 세무조사 착수의 근거가 된 혐의를 발견하지 못한 사실에 비추어 볼 때 원고의 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 없었다는 취지로 주장한다. 그러나, 을 제17호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 원고의 주장과 달리 이 사건 세무조사를 통해 이 사건 회사의 원고에 대한 매출 중 일부와 도건세무회계에 대한 매출 중 일부 취소를 전제로 종합소득세 산정을 수정하는 처분을 하였고, 이와 관련하여 BBB이 피고를 상대로 하여 이 법원 2023구합17873호로 종합소득세부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 이 법원이 2025. 6. 10. BBB의 청구를 기각하는 판결을 선고한 사실이 인정된다. 국세기본법에서는 세무조사와 관련하여 통합조사를 원칙으로 규정하고 있고(제81조의11), 반드시 세무조사대상 선정사유로 삼은 혐의에 한정해서 조사를 하여야 한다는 취지로 제한하고 있지는 않으므로, 세무조사 개시 당시를 기준으로 세무조사 대상 선정사유가 있었음에도 신고 내용상 탈루나 오류의 혐의를 밝히지 못하여 결과적으로 혐의 내용에 따른 과세처분에 이르지 못하였다 하더라도, 이러한 결과를 근거로 그 세무조사가 위법하다고 단정할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 또한 원고는, 세무조사 통지서의 기재와 달리 원고와 BBB에 대한 조사대상 선정 검토표에는 비정기 세무조사 대상자 선정의 근거규정이 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호가 아닌 제2호로 기재되어 있어 이 사건 세무조사의 개시가 위법하다는 취지로도 주장하나. 앞서 본 바와 같이 피고는 원고에게 명의 위장 사업장을 통한 소득분산 혐의와 가공세금계산서 수수 혐의 즉, 원고와 BBB에 대하여 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 이외에 제2호가 정하는 ‘무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우’에 해당하는 비정기 세무조사 대상자 선정사유가 있음을 근거로 하여 세무조사를 개시한 것으로 보이므로, 세무조사 통지서에 수개의 사유 중 일부만을 기재하였다고 하더라도 이 사건 세무조사 개시가 위법하다고 단정할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

2) 세무조사 범위 확대에 따른 통지의 위법성 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

국세기본법은 제7장의2에서 ‘납세자의 권리’라는 제목 아래 세무공무원의 세무조사 권한 행사에 관한 방법, 절차, 한계 등을 규정하고 있는데, ‘세무조사’의 개념과 관련하여 제2조 제21호에서 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다’고 규정하고 있다. 위와 같은 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부ㆍ서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 그렇지만 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위는 원칙적으로 ‘국세기본법 제7장의2 내의 각 규정이 적용되는 세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 결국 세무공무원의 조사행위가 이러한 세무조사에 해당하는지의 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두42255 판결 참조).

나) 구체적 판단

(1) 위 가항 기재 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제6, 7, 9호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 관련 법리에 비추어 보면, CCC에 대한 조사가 국세기본법 제7장의2 각 규정이 적용되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 CCC에 대한 조사가 국세기본법 제7장의2 각 규정이 적용되는 ‘세무조사’에 해당함을 전제로 한 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

① 피고는 원고와 BBB에 대한 세무조사 과정에서 AAAAAA 및 이 사건 회사와 밀접한 관련이 있는 CCC도 함께 조사하였다. CCC에 대하여 장기간에 걸친 심도 있는 조사나 광범위한 자료제출 요구 등이 수반되었다는 사정은 발견되지 않고, 1회 BBB과 함께 출석할 것을 요구하여 대면조사를 한 것 외에는 추가적인 질문조사를 한 사실이 없다. CCC에 대한 질의는 AAAAAA 및 이 사건 회사와 관련한 사실관계 확인을 위한 보조적 성격에 그친 것으로 보이고, 담당공무원이 실질적으로 세무조사에 해당할 정도의 질문조사권을 행사하였다고 보이지 않는다.

② 이 사건 세무조사 과정에서 피고가 CCC의 PC를 포렌식 하여 자료를 수집한 것으로 보이기는 한다. 그러나 이는 AAAAAA 및 이 사건 회사 사무실 내 물건 등을 조사하는 과정에서 수집된 것으로 보일 뿐이고, 이를 토대로 피고가 처음부터 CCC을 ‘납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자’로 정하여 조사하였다고 볼 수는 없다.

③ 그 밖에 CCC에 대한 조사 과정에서 피고가 CCC의 사무실, 사업장 또는 주소지 등에서 CCC을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 조사한 사실이 기록상 발견되지 않고, 달리 CCC의 영업의 자유 등이 침해되었다고 볼 사정도 뚜렷하지 않다.

④ 원고는, 피고가 국세통합전산망에서 CCC의 근무처, 소득을 조사한 것이나 금융기관에 금융거래정보 제공요구를 한 것이 국세기본법에서 정한 세무조사에 해당된다는 취지의 주장도 한다. 국세기본법에 의한 세무조사는 질문ㆍ조사권의 행사로서 상대방이 납세의무자나 관계인인 반면, 국세통합전산망을 통한 조사 및 금융거래정보 제공요구는 그 상대방이 납세의무자나 관계인이 아니다. 국세통합전산망을 통한 조사 및 금융거래정보 제공요구는 납세의무자나 그 관계인에게 질문을 하거나 그 보유 장부 등을 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 명하는 것에 해당하지 아니하고, 납세의무자에게 수인의무를 부과하거나 납세의무자의 영업의 자유 등을 침해하는 것도 아니어서, 그 실질을 납세의무자 등에 대한 자료제출 요구와 동일하게 볼 수 없으므로 국세기본법 등에 의한 세무조사에 해당한다고 할 수 없다.

(2) 설령 CCC에 대한 조사가 국세기본법 제7장의2 각 규정이 적용되는 ‘세무조사’에 해당하여 이 사건 세무조사에 원고가 주장하는 것과 같은 절차상 하자가 존재한다고 하더라도, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① BBB이 CCC에 대한 조사에 동행했던 것으로 보이는 점, ② CCC에 대한 조사로 원고의 재산권 또는 영업의 자유가 침해되거나 세무조사권이 남용되었다고 볼 만한 사정이 없는 점, ③ CCC에 대한 조사가 선량한 풍속 기타 사회질서에 위반되는 방법으로 수행되었다고 할 수 없는 점, ④ CCC에 대한 조사는 원고에 대한 세무조사 과정의 일환으로 행해진 것으로서 당초 고지된 이 사건 세무조사의 범위가 확대된 것으로 보기는 어려운 점 등을 종합하면, 그 하자가 중대하여 이 사건 처분의 취소사유가 된다고 보기는 어렵다. 결국 원고의 이 부분 주장도 마찬가지로 이유 없다.

(3) 또한 원고는, 피고가 이 사건 세무조사를 통해 세무조사 대상기간이 아닌 2022년에 신고ㆍ납부의무가 있는 2022년 귀속 원천세(근로)를 경정ㆍ고지하는 이 사건 처분을 하여 세무조사 대상기간을 부당하게 확대하였다고도 주장한다. 그러나, 국세기본법 제81조의9에 따라 범위 확대가 제한되는 세무공무원의 행위는 조사대상으로 통지한 세목이 아닌 다른 세목에 대한 세무조사에 한정되므로, 과세관청은 조사대상으로 통지한 세목에 대한 세무조사를 통해 과세의 대상이 되는 행위 등의 존재 여부나 그 실질을 파악하여 다른 세목의 과세처분을 할 수 있다고 봄이 타당하다. 이 사건 세무조사의 대상은 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 모든 세목이었기에 조사대상 과세기간에 수취된 이 사건 각 세금계산서가 실물 거래 없이 수취된 허위세금계산서인지 여부도 그 조사의 대상이었는바, 피고는 이 사건 세무조사를 통해 원고가 CCC에 대한 특별성과급 지급을 목적으로 위 각 세금계산서를 수취한 것으로 판단하고, 원고에 대하여 원천세(근로소득세) 부과 처분을 한 것이므로, 피고가 세무조사 대상기간을 확대하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 마찬가지로 이유 없다.

3) 세무조사 기간의 위법성 주장에 관한 판단

가) 국세기본법 제81조의8 제1항은 ‘세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다.’고 정하면서 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있도록 규정하고 있다. 또한 제2항에서 ‘세무공무원은 제1항에 따라 세무조사 기간을 정할 경우 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억 원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다.’고 정하고, 제3항 제1호의 ‘무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내용에 대한 조사가 필요한 경우’ 제2항의 세무조사 기간의 제한 및 제3항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다고 규정하고 있다.

나) 위 4.나.의 1)항에서 본 바와 같이, 이 사건 세무조사는 피고가 원고에 대하여 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래내용에 대한 조사가 필요한 경우로서 국세기본법 제81조의8 제3항 단서에 따라 세무조사 기간의 제한은 물론 세무조사 연장기간의 제한을 받지 않는다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

4) 세무조사권 남용 주장에 관한 판단

갑 제10 내지 12호증, 을 제12호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 세무조사 과정에서 조사 담당 공무원은 2022. 8. 18. 국세기본법 제81조의10 제2항에 따라 원고의 동의를 받아 이 사건 자료를 일시 보관하였다가 원고의 권리보호요청에 따라 같은 달 19. 이를 원고에게 반환한 사실이 인정되는바, 피고는 국세기본법 제81조의10 제2항에 따라 원고의 동의하에 위 자료를 보관한 점, 원고의 권리보호요청에 따라 위 자료가 조사대상 과세기간인 2021년이 아닌 2022년 귀속 과세자료에 해당함을 인지하고 이를 즉시 원고에게 반환하여 그 보관 기간도 하루에 불과한 점, 원고가 위 자료를 이 사건 세무조사에 활용하였다거나, 이를 이용하여 과세처분을 한 사실도 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세무조사 과정에서 원고의 동의하에 이 사건 자료를 일시 보관한 것이 세무조사권 남용에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 마찬가지로 이유 없다.

다. 처분사유 부존재 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정된 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제17, 20, 31, 32, 35호증, 을 제1, 4, 5, 6, 8 내지 11, 16, 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 세금계산서는 재화 또는 용역을 공급하지 않고 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 있고, 원고가 주장하는 사정들 및 제출한 증거들만으로는 재화 또는 용역의 공급이 실제로 이루어졌다는 사실을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 CCC의 근무 경력, AAAAAA에서 CCC이 담당한 업무의 내용 및 지위, 원고가 CCC에게 지급한 급여액, 원고, BBB, CCC의 인적 관계 등을 고려하여 보면, 이 사건 각 세금계산서는 원고가 CCC에게 특별성과급 등을 지급할 목적으로 이 사건 회사에 대한 광고비를 지급하는 것과 같은 형식을 갖추기 위해 수취한 것이라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 세무조사 과정에서 원고와 BBB의 기명날인 또는 서명이 기재되어 있지 않은 계약서(을 제3호증)가 제출되었는데, 위 계약서(이하 ‘이 사건 계약서’라 한다)의 주요내용은 다음과 같다.

AAAAAA(이하 ‘갑’이라 한다)와 DDD DDDD(이하 ‘을’이라 한다)는 세무기장업체 거래건의 관련 계약서를 다음과 같이 계약을 체결한다.

[제1조] 을은 갑의 이름으로 기장업체 영업을 하며 기장업체와의 계약을 체결하여 갑에게

공급한다.

[제2조] 갑은 을이 공급한 기장업체 거래처를 서면으로 계약서를 받은 날로부터 10일 안에

(영업일기준) 방문을 해야 하며, 갑이 10일 이후 방문으로 인한 거래처와의 계약해지의 문제 발생 시 모든 책임은 갑에게 있으며, 위 사유로 인한 계약해지 된 거래처의 수수료는 정상적으로 지급한다.

[제5조] 갑은 을에게 원활한 영업을 위한 교육, 자료 등을 을에게 제공할 의무가 있으며 을도 갑에게 교육, 자료 등을 요청할 의무가 있다.

[제6조] 을은 갑에게 공급하는 거래처의 A/S 의무가 있으며 A/S 기간은 최초 기장료 출금월을 포함한 6개월 동안 A/S의 의무를 이행한다.

[제10조] 갑은 을로부터 공급받은 거래처의 계약서 내용대로 수임동의, 출금 등을 진행하며 거래처가 계약된 달의 다음달 10일 전까지 정산내역을 갑과 을이 공유하여 10일에 갑은 을에게 을이 요청한 계좌로 결제를 진행한다.

[특약/기타사항]

상기 계약 일반사항 이외에 아래 내용을 특약사항으로 정하며 본 계약에 명시되지 아니한 사항은 일반 상관례에 따라 상호 협의 하에 결정한다.

원고는, 위 계약서가 광고기획 논의 단계에서 샘플로 작성된 것에 불과하다는 취지로 주장하나, 해당 계약서에는 계약당사자, 업무 범위, 수수료 지급방식 등 구체적인 거래조건이 상세히 명시되어 있고, 원고의 실제 업무수행 방식과 상당 부분 일치하는 점, 수민세무회계 등 다른 세무회계업체와도 유사한 취지의 계약서를 작성한 것으로 보이는 점, 이 사건 세무조사 과정에서 광고대행 용역에 대한 용역비 지급과 관련하여 원고와 BBB 모두 ‘기장료를 기초로 하는 곳은 13개월치(일부 15개월) 기장료를 광고료로 받는 곳이 있다’, ‘월 기장료 예상액에 15개월 또는 13개월을 적용하여 정산하기로 하고, 다음달 무렵 매월 광고대행료를 지급받았다’는 취지로 진술하였는바, 원고와 이 사건 회사 사이에 위 계약서 내용과 같은 광고대행 용역계약이 체결된 것으로 봄이 타당하다.

② 원고는 이 사건 회사에 광고대행 용역을 통하여 원고와 기장용역계약을 체결한 업체 1건당 월 기장료 예상액의 13 내지 15개월치에 해당하는 용역비를 지급하고, 이 사건 회사로부터 이에 대한 매입세금계산서를 수취하였음에도 불구하고, 2019년 내지 2021년 연말에 고액의 이 사건 각 세금계산서를 수취하였다. 원고는 이 사건 각 세금계산서가 이 사건 회사로부터 다음과 같은 용역을 제공받았음을 이유로 발행된 것이라고 주장하였는데, 원고가 이 사건 회사로부터 제공받았다고 주장하는 용역의 내용은 매월 정산이 이루어졌던 광고대행 용역과 업무의 범위, 지급된 용역비 산정 비율 등에 상당한 차이가 있다. 그럼에도 불구하고 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 원고와 이 사건 회사 사이에 계약서 등과 같이 계약이 체결되었음을 인정할 만한 객관적인 자료가 없다.

ⓐ 제1세금계산서: 광고 게시물, 전단지 제작을 위한 전산자료, 고객 정보 취득 방법, 저렴한 비용으로 포털 사이트 유료 광고를 이용하는 노하우 등 제공

ⓑ 제2세금계산서: 원고의 기존 고객들에게 원고와 추가적인 거래(재산제세 신고 세무컨설팅 이용 등)를 하도록 광고

ⓒ 제3세금계산서: 신규 업체 100개 이상 영업하는 경우 그에 대한 대가로 기존에 지급한 광고수수료의 100% 지급

③ 원고는 위 ②항 기재 주장에 대한 근거로 정산서(을 제5, 9, 11호증)를 제출하였으나, 원고의 위 주장과 위 정산서는 다음과 같은 이유로 믿기 어렵다.

ⓐ 제1세금계산서: 원고가 이 사건 회사로부터 광고 게시물, 전단지 제작을 위한 전산자료, 고객 정보 취득 방법, 저렴한 비용으로 포털 사이트 유료 광고를 이용하는 노하우 등을 실제로 제공받았다거나, 위 자료나 정보를 활용하였음을 객관적으로 확인할 수 있는 증거가 제출되지 않았고, 위 자료나 정보들은 대부분 공개된 자료들로서 제1세금계산서의 공급가액인 75,405,000원 상당의 경제적 가치를 갖는 정보에 해당한다고 보기 어려우며, 원고는 이 사건 회사로부터 위와 같은 자료나 정보들을 제공받은 이후에도 계속하여 이 사건 회사로부터 광고대행 용역을 제공받았다. 또한, 원고가 제출한 정산서(을 제5호증)에 이 사건 회사의 광고대행 용역으로 인하여 2019년 원고와 새롭게 계약을 체결한 것으로 기재된 업체들은 이 사건 회사 설립 이전인 2018.11.경 내지 2019. 10.경부터 원고가 기장용역을 제공한 업체들로 확인되었다.

ⓑ 제2세금계산서: 원고가 제출한 정산서(을 제9호증)에는 원고로부터 이미 기장 등 용역을 제공받고 있었던 업체들 중 이 사건 회사의 광고대행 용역으로 인하여 2020년 원고와 추가적인 계약을 체결하게 된 업체들이 기재되어 있는데, 피고는 이 사건 세무조사 당시 원고에게 위 업체별 추가 계약 체결 내역, 금액 등에 관한 구체적인 자료의 제출을 요구하였으나, 원고는 위 세무조사 당시 관련 자료를 제출하지 않다가 이 사건 소송 과정에 이르러서야 비로소 파생거래 목록(갑 제17호증)을 제출하였다. 위 파생거래 목록은 그 제출 시기 등에 비추어 이를 그대로 믿기 어려울 뿐만 아니라, 그 내용 자체에 의하더라도 추가 계약 체결의 구체적인 내역, 금액 등을 명확히 알기 어렵고, 이에 대한 공급가액을 144,100,000원으로 정하게 된 구체적인 기준 역시도 불명확하다. 또한, 원고의 주장과 같이 이 사건 회사의 광고대행 용역으로 인하여 원고로부터 이미 기장 등 용역을 제공받고 있었던 업체들 중 일부가 원고와 추가적인 계약을 체결하게 되었다면, 이에 대하여는 앞서 본 월별 정산 방식에 따라 용역비를 지급하고 세금계산서를 발행하는 것이 충분히 가능하였을 것으로 보임에도 불구하고, 이와 다른

정산 방식을 택한 것과 관련하여 납득할 만한 설명을 하지 못하고 있다.

ⓒ 제3세금계산서: 원고는 이 사건 회사가 신규 업체를 100개 이상 영업하는 경우 그에 대한 대가로 기존에 지급한 용역비의 100%를 지급하기로 한 약정에 따라 이 사건 회사로부터 제3세금계산서를 수취한 것이라고 주장하고, 이 사건 세무조사 과정에서 CCC과 BBB은 제3세금계산서와 관련하여 ‘이 사건 회사의 영업성과를 감안하여 앞으로 원고와의 원활한 영업 관계 유지를 위해 특별 성과급 명목으로 지급한 것이다’라는 취지로 진술하였다. 그러나, 일정한 영업성과를 달성하는 경우 이에 대한 대가로 기존에 지급한 용역비의 100%라는 상당한 규모의 성과급을 지급하기로 약정하면서 계약서를 작성하지 않은 것은 거래관행과 경험칙에 비추어 볼 때 매우 이례적이고, AAAAAA의 2021년도 수입금액은 1,020,287,631원인바, AAAAAA의 매출 규모 등에 비추어 보더라도 월별 정산 방식에 따른 수수료를 지급하는 이외에 수입금액의 10%에 달하는 162,877,000원을 성과급 명목으로 지급한다는 것 역시 통상적인 거래방식으로 보기 어렵다.

④ CCC은 2018. 11.경 AAAAAA에서 근무하기 전 다수의 세무법인에서 근무한 경력이 있었고, AAAAAA에서 CCC의 직위는 ‘사무장’이었으며, 거래처 관리 등 영업 업무와 직원 관리 등 업무를 담당하였다. 원고는 CCC에게 별도의 상여금 없이 매월 2,190,000원을 급여로 지급하였는바, CCC의 세무법인 근무 경력, AAAAAA에서의 직위, 담당 업무 등에 비추어 CCC의 급여액은 다소 과소한 것으로 보인다. 또한, 원고는 수입금액이 증가한 2020년경부터 다른 직원에게 상여금을 지급하였으나, CCC에게는 상여금을 지급한 사실이 없다.

⑤ 2020년부터 2022. 5.경까지 사이에 BBB은 CCC에게 합계 283,000,000원을, CCC은 BBB에게 178,000,000원을 이체하였는데, 위 178,000,000원은 2021. 9. 30. BBB 명의로 소유권이전등기를 마친 ○○○시 평내로 113, 1507동 602호 (평내동) 매매대금 중 일부로 사용된 것으로 보이고, CCC은 나머지 105,000,000원을 주식투자 등에 사용하였다.

라. 원천세(근로소득세)의 납부지연가산세 경과일수 산정 오류 주장에 관한 판단

1) 관련 법리 및 규정

가) 납세의무자가 세법의 규정에 의해 부담하는 납세의무를 확정짓는 절차로서 과세관청이 그 과세표준과 세액을 구체적으로 산출, 결정하게 되는 과정에 있어 과세관청의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아니다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 등 참조).

나) 소득세법 제85조 제3항 본문은 ‘납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 국세기본법 제47조의5 제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다’고 규정하고 있고, 국세기본법 제47조의5 제1항은 ‘국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액(제2항제2호의 경우에는 징수한 세액)을 법정납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 50(제1호의 금액과 제2호 중 법정납부기한의 다음날부터 납부고지일까지의 기간에 해당하는 금액을 합한 금액은 100분의 10)에 상당하는 금액을 한도로 하여 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다’고 규정하면서 각 호에서 ‘1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 3에 상당하는 금액’, ‘2. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체

대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율’을 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

을 제13 내지 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원천세(근로소득세)의 결정세액은 2020년분 ○○,696,398원, 2021년분 ○○,363,849원, 2022년분 ○○,787,978원인 사실이 인정된다. 소득세법 제85조 제3항 본문 및 국세기본법 제47조의5 제1항에 의하면, 원천세(근로소득세)의 납부지연가산세는 납부하지 아니한 세액의 100분의 10을 한도로 하므로, 납부지연가산세의 한도금액은 앞서 본 해당연도 결정세액의 100분의 10인 2020년분 ○,269,639원, 2021년분 ○,036,384원, 2022년분 ○,178,797원이다. 2020년 및 2021년분 원천세(근로소득세)에 대한 납부지연가산세의 경우 국세기본법 제47조의5 제1항 제1호 및 제2호 중 법정납부기한의 다음날부터 납부고지일까지의 기간에 해당하는 금액을 합한 금액이 납부하지 아니한 세액의 100분의 10을 초과하므로, 2020년분 및 2021년분 원천세(근로소득세)의 납부지연가산세는 한도금액인 ○,269,639원과 ○,036,384원으로 피고의 처분액인 ○,269,630원과 ○,036,380원이 적고, 2022년분 원천세(근로소득세)의 납부지연가산세 계산 내역은 아래 표 기재와 같이 ○,301,681원으로 피고의 처분액인 ○,237,320원이 적다.

따라서 이 사건 처분 중 원천세(근로소득세)의 납부지연가산세의 경우 경과일수 산정에 오류가 있다고 하더라도 적법하게 산출된 정당한 세액이 실제 처분액을 초과하고 있어 취소할 부분이 존재하지 않으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.