인천지방법원-2025-구합-50636 (2026.02.05)

사 건

2025구합50636

원 고

AA

피 고

aa세무서장

변 론 종 결

2026. 1. 14.

판 결 선 고

2026. 2. 5..

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2024. 4. 1.자 2018년 1월분 귀속 증권거래세 xxx원 및2024. 5. 9.자 2018년 귀속 양도소득세 xxx원(가산세 xxx원 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 aaaaa(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)은 1996. 7. 18. 설립되었다가 2023. 12. 4. 상법 제520조의2 제1항에 의해 해산간주된 회사로, 원고의 아버지인 BB은 2010. 9. 28. 이 사건 회사의 대표이사로 취임하였다가 2013. 10. 25. 퇴임하고,같은 날 이 사건 회사의 사내이사로 취임하였다.

나. 원고는 2017. 4. 20. 소외 CC, DD로부터 이 사건 회사의 발행주식 중 합계 x,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 1주당 10,000원에 취득하였고, 2018. 1.30. BB에게 이 사건 주식을 1주당 x,000원에 양도한 후 2019. 4. 1. 2018년 귀속 양도소득세 기한후신고를 하였다.

다. 피고는 원고가 특수관계인인 BB에게 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가격으로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 사건 주식의 1주당 가액을 xx원으로 평가하고 양도가액을 xxx원으로 계산하여, 원고에게 2024. 4.1. 2018년 귀속 증권거래세 xxx원, 2024. 5. 9. 2018년 귀속 양도소득세 xxx원을 경정․고지하였다(이하 위 각 경정․고지처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2024. 11. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2025. 4. 1. 원고의 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 15, 16호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 피고는 원고의 양도소득세 기한후신고일인 2019. 4. 1.로부터 5년이 도과한 후에 원고에게 양도소득세 부과처분을 하였다. 원고에 대한 양도소득세 부과처분은 국세부과제척기간(5년)이 도과된 이후에 이루어진 것으로 위법하다.

나. 이 사건 처분은 과세예고통지 없이 이루어진 것으로 위법하다.

다. 이 사건 주식의 소유자는 원고가 아니라 BB이고, 원고는 이 사건 주식의 명의를 실제 주주인 BB 명의로 환원한 것 뿐 실제 주식을 양도한 것이 아니다. BB은 2017. 4. 20.경 자신의 동의 없이 임의로 이 사건 주식에 대한 원고 명의 양수계약을 체결하였고, 원고는 2017년 12월경 자신이 이 사건 회사의 주주가 되어 있다는 사실을 알게 되었다. 이후 원고는 이 사건 주식의 명의를 실제 소유자인 BB에게 넘기기 위하여 회사 전산에 저장된 양식을 사용하여 형식적으로 원고 본인과 고모인 EE의 주식 양도 관련 서류를 작성하다가 실수로 1주당 주식가액을 x,000원으로 잘못 기재하여 제출하였다. 원고는 이 사건 주식을 양수할 당시 주식 양수도 금액 x,000만 원을 마련할 경제적 재력이 없었고, 이 사건 주식을 BB에게 양도하면서 양도대금 x00만 원을 받은 사실도 없다. 따라서 원고가 이 사건 주식을 BB에게 양도한것은 양도소득세 과세대상이 아니다.

3. 이 사건 처분의 적법여부

가. 절차적 하자 주장에 대한 판단

1) 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제105조 제1항 제2호는 자산을 양도한 거주자는 자산을 양도한 경우 그 양도일이 속하는 반기(半期)의 말일부터 2개월 안에 양도소득과세표준 예정신고를 하도록 규정하고 있다. 그리고 국세기본법에 의하면, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있고(제45조의3 제1항),납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 부과제척기간은 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년이다(제26조의2 제1항 제1호).

2) 원고는 이 사건 주식을 2018. 1. 30. BB에게 양도하였으므로 그 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 후인 2018. 8. 31.까지 양도소득세 예정신고를 해야 하나 그 기한이 도과한 후 2019. 4. 1. 양도소득세 기한후신고를 하였다. 원고가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않았으므로, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따라 이 사건 주식 양도에 대한 양도소득세의 부과제척기간은 7년이고, 원고에 대한 양도소득세 부과처분은 부과제척기간 이내에 이루어졌으므로, 부과제척기간이 5년이라는 원고 주장은 받아들일 수 없다.

3) 한편 갑 제4호증, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2024. 2. 23.과 2024. 3. 9. 두 차례에 걸쳐 과세예고통지서(등기우편)를 원고의 과거주소지인 △△시 △△로 △△번길 △△)로 발송하였으나 두 번 다 반송된 사실,이후 피고는 원고에 대한 과세예고통지서를 공시송달의 방법으로 송달한 사실이 인정된다. 피고의 위 공시송달은 국세기본법 제11조에 따른 것으로 적법한 것으로 보이고,달리 위 공시송달이 위법하다는 사정을 찾아볼 수 없다. 따라서 과세예고통지서가 송달되지 않아 위법하다는 원고 주장 역시 받아들일 수 없다.

나. 이 사건 주식의 양도가 양도소득세 과세대상이 아니라는 주장에 대한 판단

앞서 든 증거들, 갑 제3 내지 9, 14호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 주식의 양도는 양도소득세 과세 대상에 해당한다고 보는 것이 타당하고, 원고의 주장처럼 이 사건 주식의 명의를 실제 주주인 BB 명의로 환원한 것이라고 보기 어렵다. 따라서 이 부분 원고 주장 역시 받아들이지 않는다.

1) 2017년 이전까지 이 사건 회사의 주주는 DD, BB, EE, CC였는데,이후 DD와 CC의 주식 합계 8,000주를 FF, GG, 원고가 양수하여(양도가액 1주당 x,000원) 2017년 이 사건 회사의 주주는 FF, GG, 원고, BB, EE가 되었다. 그리고 BB은 2018년 나머지 주주들의 주식 전부를 양수하여 이 사건 회사의 1인 주주가 되었다(양도가액 1주당 1,000원). EE, FF은 BB의 동생,GG과 원고는 BB의 자녀이고, 이 사건 회사의 주식등변동상황명세서에 따른 자본금 세부 변동 내역은 아래 표 기재와 같다.

2) DD, CC는 2017년경 이 사건 회사의 주식을 원고 등에게 양도한 것과 관련하여 2017. 5. 1.경 양도소득세 및 증권거래세 신고서를 제출하고 이를 납부하였다.

3) EE와 FF은 2018년경 이 사건 회사 주식을 BB에게 양도한 것과 관련하여 양도소득세를 신고하였고, EE의 양도소득세 관할 세무서인 HH세무서장은 EE와 BB의 주식거래가 특수관계자간 저가양도거래에 해당한다고 보아 EE에게 양도소득세 xx원을 결정․고지하였고 EE는 이를 납부하였다. 한편 GG은 2018년경 BB에게 주식을 양도한 것에 관하여 양도소득세 신고를 하지 않은 것으로 보인다.

4) 원고는 자신과 고모 EE의 주식 양도 관련 서류를 작성하다가 실수로 양도가액을 1주당 1,000원으로 기재하게 되었다고 주장하나, 원고가 EE를 대신하여 주식 양도 관련 서류를 작성하였다는 점에 대한 증거는 제출되지 않았다(원고의 주장 내용만으로는 원고가 EE의 주식 양도 관련 서류를 작성한 것이 EE의 승낙에 따른 것인지 명확하지 않다. 그런데 원고가 제출한 EE의 문자메시지 내용을 보면 EE는 주식 양수 뿐 아니라 주식 양도 사실도 몰랐다고 주장하고 있는 것으로 보이므로, 이에 의하면 원고는 EE의 승낙 없이 주식 양도 관련 서류를 작성하였다는 것이 된다). 게다가 원고와 EE 뿐만 아니라 FF, GG 역시 자신들이 소유하고 있던 이 사건 회사의 주식을 1주당 x,000원에 양도하였다. 이러한 사정에 비추어 보면,주당 양도 가격을 실수로 기재한 것이라는 원고 주장을 쉽게 믿기는 어렵다.

5) 이 사건 주식 양수에 관한 2017. 4. 20.자 주식양수도계약서에 날인되어 있는 원고 도장의 인영과 이 사건 주식 양도에 관한된 2018. 1. 30.자 주식양도계약서에 날인된 원고 도장의 인영이 다르고, 2017. 4. 20.자 계약서에 날인된 도장은 원고 인감증명서의 원고 도장의 인영과 일치하지 않는다. 다만, 증거로 제출된 원고의 인감증명서의 발급일자가 2024. 6. 24.자이므로 계약서 도장의 인영이 인감증명서의 도장 인영과다르다는 사정만으로는 BB이 2017. 4. 20.자 주식양수도계약서를 위조하였다고 볼 수 없다. 그리고 원고가 위 계약서 위조와 관련하여 BB을 고소하거나, BB이 이와 관련하여 형사처벌 등을 받은 사실은 없다.

6) 원고는 BB이 작성한 ‘명의신탁 사실확인서’를 이의신청 절차에서 제출하였는데, 그 사실확인서에는 ‘이 사건 회사를 설립할 당시인 1996년에는 7명 이상의 발기인이 있어야 했고 이후 세법이 바뀌었고 관례적으로 법인 회사를 유지하기 위해 5명 이상의 주주가 필요하여 가족을 주주 명부에 넣었다. 이후 원고가 본인이 원치 않는 주식거래를 하였다는 것을 알게 되어 돌려 놓고 싶다고 여러 번 이야기하였고 제가 거기에 응답하지 않아 원고 본인이 직접 서류를 작성하여 주식양도계약서를 직접 신고하였다. 원고가 작성한 주식양도계약서는 실질 소유자인 본인에게 주식을 환원하는 목적으로 계약을 작성한 것이 맞다’는 취지의 내용이 기재되어 있다. 그러나 ① 위 확인서는 이 사건 처분이 이루어진 이후에 작성된 것으로 보이는 점, ② 원고가 이 사건 주식을 양수할 당시인 2017년에는 BB의 주장과 달리 회사 주주나 발기인의 수에 제한이 없었고 5인 이상의 주주가 필요했던 사유도 것으로 특별히 보이지 않는 점, ③이 사건 주식을 원고 명의로 하는 것과 관련하여 주식양도 계약서 외에 명의신탁 계약서 등이 작성된 사실은 없는 점 등의 사정에 비추어 보면, BB이 작성한 사실확인서의 내용을 그대로 믿기는 어렵다

7) 원고에게 이 사건 주식을 양도한 DD, CC는 자신이 이 사건 회사의 주주가 아니고 주식 양도에 대해서는 알지 못한다고 진술하였다(갑 제6호증 DD 작성 진술서, 갑 제7호증 CC 녹취록). 설령 DD, CC의 주장이 사실이라 하더라도,위 주장은 DD, CC가 당시 이 사건 회사의 주주가 아니라는 내용일 뿐 원고가실제 주주가 아니라는 점을 뒷받침하는 것은 아니다(다만 앞서 본 것처럼 DD, CC는 이 사건 주식 양도에 관해 신고서를 제출하고 세금을 납부한 사실이 있다).

8) 원고는 2015. 5. 14.에 이 사건 회사에 입사하여 2018. 11. 30.까지 근무하였고,이와 관련하여 원고는 자신이 주주가 아니라 단순한 직원에 불과하여 회사로부터 주식에 따른 경제적 이익을 취할 지위에 있거나 회사에 대하여 지배적 영향력을 행사할 지위에 있었다고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 이 사건 처분은 원고가 소유하고 있던 이 사건 주식을 양도한 것에 대한 양도소득세 및 증권거래세 부과 처분이고, 주식을 양도한 주주가 회사에 대하여 지배적 영향력을 행사할 지위에 있는지 여부는 주식 양도에 대한 세금 부과와는 무관하다(원고가 주장하는 ‘지배적 영향력’은 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주에 대한 정의 관련 법리로 보이고, 주식 양도로 인한 양도소득세 등에 대해서는 위 법리가 적용될 여지가 없다).

9) 원고가 이 사건 주식을 양수․양도하면서 그 대금을 주고받았는지 여부를 확인할 수 있는 자료는 없다. 다만 앞서 본 것처럼 ① 이 사건 회사의 주주 사이의 관계,② 주주 FF, GG, 원고, EE는 모두 2017년 주당 x,000원에 이 사건 회사의 주식을 매수하여 2018년 주당 x,000원에 이 사건 회사의 주식을 BB에게 양도한 점, ③ 원고의 아버지 BB은 이 사건 회사의 사내이사였고 원고는 이 사건 회사에서 근무하였던 점, ④ 이 사건 주식을 원고 명의로 보유하게 된 경위에 관하여 주식양도계약서 외에 작성된 서류는 없고, BB이 이와 관련하여 형사처벌을 받은 사실은 없는 점 등의 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고 주장처럼 이 사건 주식이 원고 본인의 동의나 허락 없이 BB이 임의로 원고 명의로 해 둔 것이라는 점을 인정하기 부족하다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.