조세특례제한법 시행령 제106조의13 부칙

제1조 【시행일】

이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정하는 날부터 시행한다.

1. 제80조의3제1항 및 제110조제5항제3호의 개정규정: 2026년 7월 1일

2. 제100조의32제4항제1호다목의 개정규정: 2027년 1월 1일

3. 제113조의3의 개정규정: 2026년 4월 1일

제2조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례】

제5조제21항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우부터 적용한다.

제3조 【세액공제 대상 연구개발비 범위 확대에 관한 적용례】

제9조제3항제1호나목, 같은 조 제7항제1호나목 및 별표 6 제1호가목6)의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.

제4조 【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등의 상시근로자 수에 관한 적용례】

① 제11조의2제7항의 개정규정(제61조제6항, 제99조의8제6항, 제116조의14제4항, 제116조의15제7항, 제116조의21제6항, 제116조의25제5항, 제116조의26제6항, 제116조의27제6항 및 제116조의36제6항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 이 영 시행 이후 개시하는 과세연도를 최초 감면연도로 하여 소득세 또는 법인세의 감면을 신청하는 경우부터 적용한다.

② 제11조의2제8항의 개정규정(제61조제6항, 제99조의8제6항, 제116조의14제4항, 제116조의15제7항, 제116조의21제6항, 제116조의25제5항, 제116조의26제6항, 제116조의27제6항 및 제116조의36제6항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

제5조 【벤처투자회사 등의 주식양도차익에 대한 비과세에 관한 적용례등】

① 제12조제3항의 개정규정은 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제63조의2제1항제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이 영 시행 전에 출자하여 취득한 주식 또는 출자지분을 이 영 시행 이후 양도하는 경우에도 적용한다.

② 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제63조의2제3항에 따라 공동으로 업무집행조합원이 된 법인이 이 영 시행 전에 출자하여 취득한 주식 또는 출자지분에 관하여는 제12조제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제6조 【내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례】

제12조의2제1항제5호의 개정규정은 이 영 시행 이후 출자하여 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우부터 적용한다.

제7조 【벤처투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례 등】

① 제14조제2항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자하는 경우부터 적용한다.

② 2025년 12월 31일까지 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자한 금액(해당 거주자가 투자한 모든 벤처기업투자신탁의 합계액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 1천만원 미만이고, 2026년 1월 1일부터 이 영 시행일 전날까지 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자한 금액이 2천만원을 초과하는 경우 소득공제를 적용받을 수 있는 투자액에 관하여는 제14조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

③ 제14조제11항의 개정규정은 이 영 시행 이후 추징하는 경우부터 적용한다.

제8조 【성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 등에 관한 적용례】

제17조제1항제7호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 경영성과급을 지급하는 경우부터 적용한다.

제9조 【통합투자세액공제에 관한 적용례】

제21조의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

제10조 【근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제에 관한 적용례】

제26조의4제2항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도부터 적용한다.

제11조 【통합고용세액공제에 관한 적용례 등】

① 제26조의8제4항제1호 및 같은 조 제6항의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 경우부터 적용한다. <개정 2026.5.22>

② 제26조의8제4항제1호의 개정규정에도 불구하고 2025년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지의 기간 동안 근로계약을 체결하고 근로계약 체결 당시 34세(제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 사람의 경우에는 6년을 한도로 병역을 이행한 기간을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 이하인 사람은 근로기간 중 34세를 초과하더라도 근로계약 체결일부터 3년간(중소기업 또는 중견기업이 아닌 경우에는 2년간)은 청년등상시근로자로 본다.

③ 제26조의8제7항의 개정규정은 이 영 시행 이후 신고하는 경우부터 적용한다. <개정 2026.5.22>

제12조 【가업의 승계에 대한 증여세 과세특례에 관한 적용례】

제27조의6제8항의 개정규정은 이 영 시행 이후 증여받은 주식등이 상장되거나 그 주식등을 발행한 법인이 합병되는 경우부터 적용한다.

제13조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면에 관한 적용례】

제67조제3항제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 새로운 농지를 취득하는 경우부터 적용한다.

제14조 【영농자녀등이 증여받는 농지 등에 대한 증여세의 감면에 관한 적용례】

제68조제14항의 개정규정은 이 영 시행 이후 농지등을 증여하는 경우부터 적용한다.

제15조 【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】

제73조제5항제4호 및 같은 조 제9항의 개정규정은 이 영 시행 이후 부동산투자회사에 현물출자하는 경우부터 적용한다.

제16조 【사회적기업의 상시근로자 수에 관한 적용례】

① 제79조의7제1항의 개정규정(제11조의2제7항의 개정규정을 준용하는 부분으로 한정한다)은 이 영 시행 이후 개시하는 과세연도의 상시근로자 수를 계산하는 경우부터 적용한다.

② 제79조의7제1항의 개정규정(제11조의2제8항의 개정규정을 준용하는 부분으로 한정한다)은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

제17조 【소기업ㆍ소상공인 공제부금 등에 대한 소득공제에 관한 적용례】

① 제80조의3제1항의 개정규정은 2026년 7월 1일 이후 공제부금을 납입하는 경우부터 적용한다.

② 제80조의3제5항제1호 및 제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 소기업ㆍ소상공인 공제계약을 해지하는 경우부터 적용한다.

제18조 【해외주식투자전용집합투자기구에 대한 과세특례에 관한 적용례】

제93조의3제8항 단서의 개정규정은 이 영 시행 이후 계약기간 만료일이 도래하는 경우부터 적용한다.

제19조 【청년도약계좌에 대한 비과세에 관한 적용례】

제93조의8제8항의 개정규정은 이 영 시행 이후 청년도약계좌 계약을 해지하는 경우부터 적용한다.

제20조 【공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례에 관한 적용례 등】

제97조의10제2항의 개정규정은 이 영 시행 이후 토지를 양도하는 경우부터 적용한다.

제21조 【수도권 밖의 지역에 있는 준공 후 미분양주택 취득자에 대한 과세특례에 관한 적용례】

제98조의8제1항제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 준공 후 미분양주택을 취득하는 경우부터 적용한다.

제22조 【근로장려금 및 자녀장려금의 신청자격 등에 관한 적용례】

① 제100조의4제8항제2호의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청 또는 정산하는 경우부터 적용한다.

② 제100조의9제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 압류하는 경우부터 적용한다.

제23조 【법인이 아닌 동업기업에 대한 준용규정에 관한 적용례】

제100조의27제6호의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도의 소득에 대한 법인세액에 더하여 납부하는 가산세를 배분하는 경우부터 적용한다.

제24조 【투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진을 위한 과세특례 기업소득 가산항목에 관한 적용례】

① 제100조의32제4항제1호나목ㆍ바목 및 같은 조 제15항제5호의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 미환류소득 또는 초과환류액을 계산하는 경우부터 적용한다.

② 제100조의32제4항제1호다목의 개정규정은 2027년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 미환류소득 또는 초과환류액을 계산하는 경우부터 적용한다.

제25조 【전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례】

제104조의5제2항 및 제4항의 개정규정은 이 영 시행 이후 전자신고하는 경우부터 적용한다.

제26조 【해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례】

제104조의21제3항제3호, 같은 조 제6항제3호 및 같은 조 제9항의 개정규정은 이 영 시행 이후 국내에서 사업장을 신설 또는 증설하는 경우부터 적용한다.

제27조 【재활용폐자원 등의 부가가치세매입세액공제 신청에 관한 적용례】

제110조제5항제3호의 개정규정은 2026년 7월 1일 이후 개시하는 과세기간의 매입세액공제를 신청하는 경우부터 적용한다.

제28조 【증권거래세의 면제에 관한 적용례】

제115조제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 시장조성하는 경우부터 적용한다.

제29조 【신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례】

제121조의2제6항제2호의2의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간의 신용카드등사용금액 합계를 계산하는 경우부터 적용한다.

제30조 【신성장ㆍ원천기술에 관한 적용례】

별표 7의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.

제31조 【국가전략기술에 관한 적용례】

별표 7의2의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.

제32조 【국제금융기구의 비과세 대상 소득 등에 관한 특례】

제18조제6항제4호의 개정규정에도 불구하고 2026년 12월 31일까지는 같은 개정규정 중 "「법인세법」 제93조제10호타목"을 "「법인세법」 제93조제10호카목"으로 본다.

제33조 【청년미래적금 가입 시 연령계산에 관한 특례】

2025년 12월 31일 당시 34세(제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 6년을 한도로 병역을 이행한 기간을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 이하였으나 2026년 1월 1일부터 2026년 8월 31일까지의 기간 중에 34세를 초과하게 된 거주자가 해당 기간 중에 청년미래적금에 가입하려는 경우에는 2025년 12월 31일을 해당 거주자의 청년미래적금 가입일로 보아 제93조의11제1항의 개정규정을 적용한다.

제34조 【수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등에 관한 경과조치】

① 이 영 시행 전에 본사를 이전한 경우의 세액감면에 관하여는 제60조의2제13항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

② 이 영 시행 이후 본사를 이전하는 경우로서 본사이전법인이 이 법 시행 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 제60조의2제13항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 본사를 신축하는 경우로서 법 제63조의2제1항에 따라 이전계획서를 제출한 경우

2. 본사 이전을 위해 기존 본사의 부지나 본사용 건축물을 양도(양도 계약을 체결한 경우를 포함한다)하거나 본사를 철거ㆍ폐쇄 또는 본사 외의 용도로 전환한 경우

3. 본사 이전을 위해 신규 본사의 부지나 본사용 건축물을 매입(매입 계약을 체결한 경우를 포함한다)한 경우

4. 본사를 신축하기 위해 건축허가를 받은 경우

5. 제1호부터 제4호까지의 행위에 준하는 행위를 한 경우로서 실질적으로 이전에 착수한 것으로 볼 수 있는 경우

제35조 【다른 법령의 개정】

지방세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.

제35조의3제3항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제11조의2제6항 및 제7항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제11조의2제7항 및 제8항"으로 한다.

제59조제5항 단서 중 "「조세특례제한법 시행령」 제11조의2제5항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제11조의2제6항"으로 한다.