조세특례제한법 제99조의4 [ 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 ]
거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2028년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.(2025.12.23 개정)
2021.01.01 전에 종전의 제99조의4에 따른 농어촌주택 또는 고향주택을 취득한 경우에는 제99조의4제1항제1호가목3) 및 같은 항 제2호나목2)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [2020.12.29 법률 제17759호 부칙 제46조]
다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)
취득 당시 「지방자치분권 및 균형성장에 관한 특별법」 제2조제13호에 따른 기회발전특구(인구감소지역 및 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 "기회발전특구"라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것(2026.06.02 개정)
수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.(2015.12.15 개정)
「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역. 다만, 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.(2024.12.31 개정)
「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역(2020.12.29 개정)
「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역(2016.01.19 개정)
그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역(2016.01.19 신설)
제99조의4제1항제1호가목의 개정규정은 2024.01.01 이후 일반주택을 양도하는 경우부터 적용한다. [2023.12.31 법률 제19936호 부칙 제16조]
주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것(2022.12.31 개정)
2023.01.01 전에 양도한 주택의 양도소득세 과세특례 요건에 관하여는 제99조의4제1항제1호 및 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [2022.12.31 법률 제19199호 부칙 제39조]
다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택"이라 한다)
대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것
취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것
수도권지역
「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역(2020.12.29 개정)
그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역
① 제99조의4제1항제1호가목3) 및 같은 항 제2호나목2)의 개정규정은 2021.01.01 이후 농어촌주택 또는 고향주택을 취득하는 경우부터 적용한다. [2020.12.29 법률 제17759호 부칙 제21조]
2021.01.01 전에 종전의 제99조의4에 따른 농어촌주택 또는 고향주택을 취득한 경우에는 제99조의4제1항제1호가목3) 및 같은 항 제2호나목2)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [2020.12.29 법률 제17759호 부칙 제46조]
주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것(2022.12.31 개정)
2023.01.01 전에 양도한 주택의 양도소득세 과세특례 요건에 관하여는 제99조의4제1항제1호 및 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [2022.12.31 법률 제19199호 부칙 제39조]
삭제 <2007.12.31>
1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ동 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ동에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.(2025.12.23 개정)
2026.01.01 전에 농어촌주택을 취득한 경우의 양도소득세 과세특례에 관하여는 제99조의4제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. [2025.12.23 법률 제21223호 부칙 제42조]
1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다. <개정 2010.1.1>
삭제(2025.12.23 개정)
제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.(2025.12.23 개정)
제1항 및 제4항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.(2025.12.23 개정)
농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2018.12.24 신설)