조세특례제한법 제13조 부칙

제1조 【시행일】

이 법은 2025년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.

1. 제106조제5항 및 제107조의2의 개정규정: 2025년 4월 1일

2. 제106조의11, 제108조의3 및 제126조의2제2항제3호다목의 개정규정: 2025년 7월 1일

제2조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면 등에 관한 적용례】

제6조제7항ㆍ제13항 및 제127조제4항 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 창업중소기업을 창업하는 경우, 창업보육센터사업자로 지정을 받는 경우, 벤처기업으로 확인받는 경우 또는 에너지신기술중소기업에 해당하게 되는 경우부터 적용한다.

제3조 【연구ㆍ인력개발비 세액공제의 공제율에 관한 적용례 등】

① 제10조제1항제1호가목2), 같은 항 제2호가목2) 및 같은 항 제3호나목2)의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용한다.

② 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도에 발생한 코스닥상장중견기업의 연구ㆍ인력개발비에 대해서는 제10조제1항제1호가목2) 및 같은 호 나목 단서의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제4조 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례에 관한 적용례】

제10조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도에 연구개발출연금등을 지급받는 경우부터 적용한다.

제5조 【통합투자세액공제의 공제율에 관한 적용례】

① 제24조제1항 각 호 외의 부분 본문의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 경우부터 적용한다.

② 제24조제1항제2호가목1)나), 같은 목 2)나) 및 같은 목 3)나)의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용한다.

③ 제24조제1항제2호나목 본문의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 경우부터 적용한다.

제6조 【벤처기업 복수의결권주식 취득에 대한 과세특례에 관한 적용례】

제47조의 개정규정은 이 법 시행 이후 보통주식으로 복수의결권주식에 대한 납입을 하는 경우부터 적용한다.

제7조 【고향사랑 기부금에 대한 세액공제의 공제액 계산에 관한 적용례】

제58조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 기부하는 경우부터 적용한다.

제8조 【인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례에 관한 적용례】

제71조의2의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정하거나 경정하는 경우부터 적용한다.

제9조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례】

제74조제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

제10조 【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】

제77조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행 전에 대토보상을 받은 경우에도 적용한다.

제11조 【소기업ㆍ소상공인 공제부금 소득공제 한도 등에 관한 적용례】

제86조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 납부하는 공제부금부터 적용한다.

제12조 【주택청약종합저축 등에 대한 소득공제 등에 관한 적용례 등】

① 제87조제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 주택청약종합저축에 납입하는 금액부터 적용한다.

② 제87조제3항제1호의 개정규정은 이 법 시행 당시 청년우대형주택청약종합저축에 가입 중인 세대주의 배우자에 대해서도 적용한다.

③ 이 법 시행 전에 청년우대형주택청약종합저축에 가입한 세대주의 배우자는 제87조제4항 각 호 외의 부분의 개정규정에 따라 무주택 확인서를 제출하려는 경우에는 같은 항 제2호에도 불구하고 이 법 시행일부터 2년 이내에 제출하여야 한다.

제13조 【청년도약계좌에 대한 비과세에 관한 적용례】

제91조의22제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 계약을 해지하는 경우부터 적용한다.

제14조 【혼인에 대한 세액공제에 관한 적용례】

제92조의 개정규정은 이 법 시행 이후 종합소득과세표준 확정신고를 하거나 연말정산하는 경우부터 적용한다.

제15조 【수도권 밖의 지역에 있는 준공후미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례에 관한 적용례】

제98조의9의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정하거나 경정하는 경우부터 적용한다.

제16조 【연금계좌 납입에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 적용례】

제99조의14의 개정규정은 이 법 시행 이후 부동산을 양도하는 경우부터 적용한다.

제17조 【근로장려금에 관한 적용례】

제100조의3제1항제2호, 같은 조 제5항제2호나목2) 단서, 제100조의5제1항제3호, 같은 조 제2항 및 제100조의8제5항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 근로장려금을 신청하는 경우(제100조의6제9항에 따라 2024년 과세기간의 하반기 소득분에 대하여 같은 조 제7항에 따른 반기 신청을 한 것으로 보는 경우를 포함한다)부터 적용한다.

제18조 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례에 관한 적용례】

제104조의10의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도의 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

제19조 【건설기계 양도차익의 사업소득금액 분할 산입 특례에 관한 적용례】

제104조의34의 개정규정은 이 법 시행 이후 건설기계를 양도하는 경우부터 적용한다.

제20조 【일반택시 운송사업자에 대한 미지급 경감세액 추징에 관한 적용례】

제106조의7제7항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 미지급이 발생하는 경우부터 적용한다.

제21조 【면세점송객용역에 대한 부가가치세 매입자 납부특례 등에 관한 적용례】

제106조의11 및 제108조의3의 개정규정은 2025년 7월 1일 이후 면세점송객용역을 공급하거나 공급받는 경우부터 적용한다.

제22조 【외국인 관광객에 대한 부가가치세의 특례에 관한 적용례】

제107조의2의 개정규정은 2025년 4월 1일 이후 숙박용역을 공급받는 경우부터 적용한다.

제23조 【체육시설이용분의 신용카드 소득공제에 관한 적용례】

제126조의2제2항제3호다목의 개정규정은 2025년 7월 1일 이후 체육시설을 이용하기 위하여 지급하는 금액부터 적용한다.

제24조 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 경과조치 등】

① 이 법 시행 전에 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 경우의 세액공제율에 관하여는 제12조의4제1항 각 호 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

② 제12조의4제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

제25조 【성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제의 공제율에 관한 경과조치】

이 법 시행 전에 경영성과급을 지급한 경우의 세액공제에 관하여는 제19조제1항 본문의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제26조 【중소기업 청년근로자 및 핵심인력 성과보상기금 수령액에 대한 소득세 감면 등에 관한 경과조치】

이 법 시행 전에 공제사업에 가입한 근로자에 대한 소득세의 부과 및 세액감면에 관하여는 제29조의6제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제27조 【수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등에 관한 경과조치】

① 이 법 시행 전에 공장을 이전한 경우의 세액감면에 관하여는 제63조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 이후 공장을 이전하는 경우로서 공장이전기업이 종전의 제63조제1항을 적용받기 위하여 이 법 시행 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 제63조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 공장을 신축하는 경우로서 제63조제1항에 따라 이전계획서를 제출한 경우

2. 공장 이전을 위하여 기존 공장의 부지나 공장용 건축물을 양도(양도 계약을 체결한 경우를 포함한다)하거나 공장을 철거 또는 폐쇄한 경우

3. 공장 이전을 위하여 신규 공장의 부지나 공장용 건축물을 매입(매입 계약을 체결한 경우를 포함한다)한 경우

4. 공장을 신축하기 위하여 건축허가를 받은 경우

5. 제1호부터 제4호까지의 행위에 준하는 행위를 한 경우로서 실질적으로 이전에 착수한 것으로 볼 수 있는 경우

제28조 【수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등에 관한 경과조치】

① 이 법 시행 전에 본사를 이전한 경우의 세액감면에 관하여는 제63조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 이후 본사를 이전하는 경우로서 본사이전법인이 종전의 제63조의2제1항을 적용받기 위하여 이 법 시행 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 제63조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 본사를 신축하는 경우로서 제63조의2제1항에 따라 이전계획서를 제출한 경우

2. 본사 이전을 위하여 기존 본사의 부지나 본사용 건축물을 양도(양도 계약을 체결한 경우를 포함한다)하거나 본사를 철거ㆍ폐쇄 또는 본사 외의 용도로 전환한 경우

3. 본사 이전을 위하여 신규 본사의 부지나 본사용 건축물을 매입(매입 계약을 체결한 경우를 포함한다)한 경우

4. 본사를 신축하기 위하여 건축허가를 받은 경우

5. 제1호부터 제4호까지의 행위에 준하는 행위를 한 경우로서 실질적으로 이전에 착수한 것으로 볼 수 있는 경우

제29조 【환경친화적 자동차에 대한 개별소비세 감면액에 관한 경과조치】

이 법 시행 전에 제조장 또는 보세구역에서 반출된 자동차에 대한 개별소비세 감면액에 관하여는 제109조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제30조 【성실사업자에 대한 의료비 등 공제액 추징에 관한 경과조치】

이 법 시행 전의 과세기간에 대하여 과소 신고한 수입금액 또는 과대계상한 필요경비가 경정된 경우에는 제122조의3제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제31조 【다른 법률의 개정】

지방세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.

제46조제3항 중 "「조세특례제한법」 제10조제1항제1호가목2)"를 "「조세특례제한법」 제10조제1항제3호가목"으로 한다.

제57조의2제5항제7호 단서 중 "경우(같은 조 제3항에 해당하는 경우는 제외한다)"를 "경우"로 한다.